软件定制开发周期评估的难点通常包括以下几个方面：

1. 需求不明确或变更频繁：在软件开发过程中，需求的不确定性是一个主要难点。如果客户在开发过程中频繁更改需求，这将直接影响到开发周期的评估和计划。

2. 技术难度和创新性：新技术的应用或高度创新的功能可能会增加开发难度，导致开发时间延长。评估这些技术实现的复杂性需要专业知识和经验。

3. 资源分配和团队能力：开发团队的技术能力、经验和工作效率直接影响到开发周期。此外，人力资源的分配和多项目并行开发的情况也会对周期评估造成挑战。

4. 第三方依赖：软件项目可能依赖于第三方服务、API或库。这些外部因素的不确定性和变动可能导致开发进度延误。

5. 测试和质量保证：确保软件质量满足预期需要充分的测试。测试的复杂性和覆盖范围可能会超出预期，从而影响整体的开发周期。

6. 项目管理和沟通：有效的项目管理和沟通对于确保项目按时完成至关重要。沟通不畅或管理不善可能导致误解和延误。

7. 风险评估：识别和评估项目中潜在的风险是周期评估的一部分。未能预见的风险可能会导致项目延期。

8. 合规性和法规要求：软件需要遵守特定的行业标准和法规要求，这可能会增加额外的开发和审查时间。

9. 用户反馈和迭代：在开发过程中，用户反馈可能导致功能调整或增加，需要进行迭代开发，这也会影响周期评估。

10. 后期维护和支持：软件发布后可能需要进行持续的维护和更新，这也需要在周期评估中考虑。

为了克服这些难点，软件开发团队需要与客户进行充分的沟通，明确需求，采用敏捷开发方法来适应变化，进行有效的风险管理，并采用持续集成和持续部署的实践来缩短开发周期。同时，定期进行项目审查和进度评估，确保项目按照既定的时间表推进。